在炎症性肠病研究中组织微环境并不是单一免疫细胞数量变化就能解释的系统。上皮细胞、成纤维细胞、内皮细胞、单核吞噬细胞、T细胞等多类细胞共同分布在肠黏膜结构中形成复杂的炎症区域、修复区域和细胞邻近关系。CosMx空间转录组可以帮助研究者观察基因表达在组织中的空间分布而PCF类空间蛋白组学方法则可以在组织原位进一步观察细胞身份、蛋白标志物、功能状态和细胞邻域。二者联合不是简单重复检测而是从转录层和蛋白层共同搭建组织微环境研究框架。《Nature Communications》发表的这篇文献“Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis”就是一个典型的空间多组学联合案例。研究者围绕溃疡性结肠炎及VDZ相关组织变化整合了scRNA-seq、CITE-seq、CyTOF、MIBI、PCF(CODEX)和CosMx等技术。在FFPE结肠活检样本中PCF(CODEX)和MIBI用于观察多类细胞的蛋白标志物和空间位置CosMx则进一步提供高通量RNA原位信息。对于溃疡性结肠炎这类组织结构高度相关的研究对象仅知道“哪些细胞增多”并不够研究者还需要知道这些细胞是否靠近、是否处于特定组织区域以及是否伴随特定表达状态。PCF(CODEX)与CosMx联合的第一个科学价值是将“细胞类型定位”和“基因表达状态”连接起来。文献中空间蛋白组分析观察到MNP和成纤维细胞在活动性炎症组织中呈现丰度和空间邻近趋势而CosMx进一步识别 activated fibroblast、activated inflammatory MNP、IEC crypt base 等细胞状态及相关基因表达。对于研究者而言PCF类技术可以先在组织切片中观察“哪些细胞靠近哪些细胞”CosMx则进一步回答“这些细胞可能表达哪些炎症、基质重塑或上皮修复相关基因”。两者组合后组织微环境不再只是细胞组成表而更接近一个空间生态系统。第二个价值是让“空间邻近关系”具有更丰富的解释维度。PCF类空间蛋白成像适合观察CD45、CD68、CD11c、PDPN、CD44、E-cadherin、Collagen等蛋白标志物在组织中的分布从而识别免疫细胞、上皮细胞、内皮细胞和基质细胞。CosMx则能进一步看到TIMP1、IL1R1、CXCL14、S100A9、CD80、LYZ、IL1B等转录信号在空间中的分布。这种联合设计使研究者不仅能观察“MNP与成纤维细胞靠得近”还可以进一步分析这些细胞是否带有炎症激活、组织重塑或上皮相关表达特征。因此PCF与CosMx联合适合用于炎症组织微环境、肿瘤微环境、纤维化、免疫相关基础研究和药物作用机制相关课题。CosMx提供转录层面的空间表达地图PCF提供蛋白层面的细胞身份、功能状态和邻域结构观察。对于FFPE样本二者联合还能更好地利用已有临床归档样本支持回顾性组织空间分析。【说明】本文仅为科研技术方法介绍不涉及疾病诊断、治疗建议、疗效预测、用药指导或临床决策。文中提及研究发现均来自学术文献相关分析结果需结合更多实验和研究进一步观察与复核不构成任何医疗意见。【参考文献】Mennillo E, Kim YJ, Lee G, Rusu I, Patel RK, Dorman LC, Flynn E, Li S, Bain JL, Andersen C, Rao A, Tamaki S, Tsui J, Shen A, Lotstein ML, Rahim M, Naser M, Bernard-Vazquez F, Eckalbar W, Cho SJ, Beck K, El-Nachef N, Lewin S, Selvig DR, Terdiman JP, Mahadevan U, Oh DY, Fragiadakis GK, Pisco A, Combes AJ, Kattah MG. Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis. Nat Commun. 2024 Feb 19;15(1):1493. doi: 10.1038/s41467-024-45665-6. PMID: 38374043; PMCID: PMC10876948.
从转录地图到蛋白观察：PCF与CosMx联合如何理解炎症组织微环境？
在炎症性肠病研究中组织微环境并不是单一免疫细胞数量变化就能解释的系统。上皮细胞、成纤维细胞、内皮细胞、单核吞噬细胞、T细胞等多类细胞共同分布在肠黏膜结构中形成复杂的炎症区域、修复区域和细胞邻近关系。CosMx空间转录组可以帮助研究者观察基因表达在组织中的空间分布而PCF类空间蛋白组学方法则可以在组织原位进一步观察细胞身份、蛋白标志物、功能状态和细胞邻域。二者联合不是简单重复检测而是从转录层和蛋白层共同搭建组织微环境研究框架。《Nature Communications》发表的这篇文献“Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis”就是一个典型的空间多组学联合案例。研究者围绕溃疡性结肠炎及VDZ相关组织变化整合了scRNA-seq、CITE-seq、CyTOF、MIBI、PCF(CODEX)和CosMx等技术。在FFPE结肠活检样本中PCF(CODEX)和MIBI用于观察多类细胞的蛋白标志物和空间位置CosMx则进一步提供高通量RNA原位信息。对于溃疡性结肠炎这类组织结构高度相关的研究对象仅知道“哪些细胞增多”并不够研究者还需要知道这些细胞是否靠近、是否处于特定组织区域以及是否伴随特定表达状态。PCF(CODEX)与CosMx联合的第一个科学价值是将“细胞类型定位”和“基因表达状态”连接起来。文献中空间蛋白组分析观察到MNP和成纤维细胞在活动性炎症组织中呈现丰度和空间邻近趋势而CosMx进一步识别 activated fibroblast、activated inflammatory MNP、IEC crypt base 等细胞状态及相关基因表达。对于研究者而言PCF类技术可以先在组织切片中观察“哪些细胞靠近哪些细胞”CosMx则进一步回答“这些细胞可能表达哪些炎症、基质重塑或上皮修复相关基因”。两者组合后组织微环境不再只是细胞组成表而更接近一个空间生态系统。第二个价值是让“空间邻近关系”具有更丰富的解释维度。PCF类空间蛋白成像适合观察CD45、CD68、CD11c、PDPN、CD44、E-cadherin、Collagen等蛋白标志物在组织中的分布从而识别免疫细胞、上皮细胞、内皮细胞和基质细胞。CosMx则能进一步看到TIMP1、IL1R1、CXCL14、S100A9、CD80、LYZ、IL1B等转录信号在空间中的分布。这种联合设计使研究者不仅能观察“MNP与成纤维细胞靠得近”还可以进一步分析这些细胞是否带有炎症激活、组织重塑或上皮相关表达特征。因此PCF与CosMx联合适合用于炎症组织微环境、肿瘤微环境、纤维化、免疫相关基础研究和药物作用机制相关课题。CosMx提供转录层面的空间表达地图PCF提供蛋白层面的细胞身份、功能状态和邻域结构观察。对于FFPE样本二者联合还能更好地利用已有临床归档样本支持回顾性组织空间分析。【说明】本文仅为科研技术方法介绍不涉及疾病诊断、治疗建议、疗效预测、用药指导或临床决策。文中提及研究发现均来自学术文献相关分析结果需结合更多实验和研究进一步观察与复核不构成任何医疗意见。【参考文献】Mennillo E, Kim YJ, Lee G, Rusu I, Patel RK, Dorman LC, Flynn E, Li S, Bain JL, Andersen C, Rao A, Tamaki S, Tsui J, Shen A, Lotstein ML, Rahim M, Naser M, Bernard-Vazquez F, Eckalbar W, Cho SJ, Beck K, El-Nachef N, Lewin S, Selvig DR, Terdiman JP, Mahadevan U, Oh DY, Fragiadakis GK, Pisco A, Combes AJ, Kattah MG. Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis. Nat Commun. 2024 Feb 19;15(1):1493. doi: 10.1038/s41467-024-45665-6. PMID: 38374043; PMCID: PMC10876948.
